財政部並據所得稅法第80條第5項規定，制訂查核準則。又依查核準則第116條第2項規定：「本準則中華民國93年1月2日修正發布之第36條之1、第76條、第78條第1款第12目與第2款第12目及第85條第2款施行前，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。」
可知，就該準則於93年1月2日修正發布之第36條之1規定，於該規定施行前，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，亦有適用。
經查，中華公司貸放之關係企業－臺灣倉智公司、宏禹興業公司，在91年間即有鉅額虧損，屬營運不善、財務出現危機之公司，為中華公司所不爭執，且有各該公司之損益表及資產負債表附卷可稽。
另上開借款公司，於借款時並未提供擔保品，僅經中華公司公司董事長1人為保證，並經中華公司訴訟代理人陳稱：沒有擔保品，只有自然人即中華公司公司董事長甲○○以個人身分保證該等公司之債務等情綦詳，已見臺灣倉智公司、宏禹興業公司具有授信條件不良之情形。
依據前開說明，中華公司本應避免上開貸放行為，以確保其自身之營運安全；縱或因屬關係企業，基於命運一體之考量而有難以避免貸放之情事，仍應提高放款利息，以謀取公司股東之最佳利益。
惟其未考量上開公司授信條件不良情形，酌情加重其利率，僅依其公司所訂定之資金貸與他人作業程序及修訂後之資金貸與及背書保證作業程序規定，將資金貸與上開關係企業按月計收利息，依貸與時中華公司前1個月借款平均利率加3碼（0.75%）計算其利率，如此計算於系爭年度（91年）之各月利率分別為：6.230%（1月）、6.130%（2月）、6.100%（3月）、6.080%（4月）、6.060%（5月）、5.920%（6月）、5.830%（7月）、5.820%（8月）、5.780%（9月）、5.830%（10月）、5.740%（11月）、5.740%（12月），顯較臺灣銀行之基本放款利率6.79%為低，且遠遜於當年度基本放款利率至少都在7.16%以上之合作金庫、第一、華南、彰化等商業銀行利率，有中華公司所作之利率統計表及上開銀行函在卷可考。
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