中華公司民國91年度營利事業所得稅結算申報，原申報利息收入10,515,730元，國稅局初查以中華公司將資金貸與關係企業臺灣倉智公司、宏禹興業公司，約定按月計收利息，利率依貸與時中華公司前1個月借款平均利率加3碼（0.75%）計算，自行計算利息收入10,349,663元，核與營利事業所得稅查核準則第36條之1規定不符，乃予以調增利息收入1,443,655元，核定本期利息收入為11,959,385元，全年所得額5,844,871元，應補徵稅額725,609元。中華公司不服，申請復查及提起訴願，均遭駁回，遂提起本件行政訴訟。
中華公司於原審起訴意旨略謂：查核準則第36條之1並無明確規定「約定之利息偏低者」之認定標準，自應依查核準則第2條後段「依有關法令之規定辦理」。
而中華公司資金貸與他人所收取利息之計算方式，前依證券主管機關之規定，於90年5月8日訂定之「資金貸與他人作業程序」第5條第2項規定辦理（嗣
配合證期會發布之「公開發行公司資金貸與及背書保證作業處理準則」，而於92年3月6日經董事會通過「資金貸與及背書保證作業程序」，於該程序第7條第2項為相同規定），按月計收利息，其利率依貸與時本公司前1個月銀行借款平均利率加3碼計算之，每筆資金之貸放確實依證期會之規定辦理並無違法與不當，且無利息偏低情事，亦提出相關文件供核。
況系爭資金貸與利息收入之計算是否偏低，應依客觀事實而為認定，中華公司自90年5月起即將資金貸與關係企業，而90、91年度利息收入之計算及申報方式完全一樣，各項事證都說明中華公司帳務處理上的一致性，僅因審查人員不同，而產生不同之處分，而有歧異結果之認定，顯然違反公平原則。
詎國稅局逕以中華公司收取之利息較當年度臺灣銀行之基本放款利率為低，即以查核準則第36條之1，重新設算資金貸與利息收入，增加虛擬收入1,443,655
元，違反量能課稅原則，並增加所得稅法第30條所無之限制，與憲法第19條規定不符，有違租稅法定主義。為此請判決將原處分及訴願決定均撤銷等語。
案件經台北行政法院法官審理後，判斷如下：
「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」「…稽徵機關對所得稅案件進行書面審核、查帳審核與其他調查方式之辦法，及對影響所得額、應納稅額及稅額扣抵計算項目之查核準則，由財政部定之。」
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