甲○○係信○○聯合診所（下稱信○○診所）之合夥人，94年度綜合所得稅結算申報，原列報該診所收入總額新臺幣（下同）111,319,931元，費用總額89,055,944元，全年所得額22,263,987元，並按合夥比例12.66％申報其執行業務所得2,818,621元。
南區國稅局初查原按南區國稅局「94年度執行業務所得及私人辦理補習班等其他所得書面審核作業要點」（下稱書面審核作業要點）從其申報數核定，嗣依該要點規定進行抽查，因信○○診所未能提示帳簿文據供核，乃重行按財政部頒定94年度執行業務者費用標準，核定費用總額80,153,761元，全年所得額31,166,170元，並按甲○○合夥比例12.66％核定其執行業務所得3,945,637元，併課其94年度綜合所得稅。甲○○不服，申請復查，未獲變更，遂循序提起行政訴訟。
案件經法官審理後，判斷如下：
（一）甲○○上訴意旨略以：依司法院釋字第210號及第217號解釋，憲法第19條所規定之依法納稅，係兼指免稅及納稅之範圍，且人民僅就法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項目而負繳納義務或享受減免之優惠。
本件甲○○為信○○診所之合夥人，該診所94年度已依南區國稅局所訂定之書面審核作業要點第3點規定之純益率標準申報所得額，係在南區國稅局核定各該業所得額標準以上，依所得稅法第80條第3項規定，應以納稅義務人信○○診所原申報資料作為書面審查所得額的基準，且以該診所申報之金額為準。
南區國稅局擅自以行政命令訂定審查程序，依書面審核作業要點第7點規定，調閱抽查信○○診所之帳簿、文據與相關資料，顯不符所得稅法規定，亦與憲法第19條租稅法律主義相牴觸，且違背司法院釋字第640號解釋之意旨等語。
（二）按「個人之綜合所得總額，以其全年左列各類所得合併計算之︰…第二類︰執行業務所得︰凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材、設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。
朱惠斌
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